空间组学
将组学数据带入空间维度，原位重建组织内部的分子表达与空间结构。
华大 Stereo-Seq FFPE 空间转录组
Stereo-seq FFPE空间转录组技术，是华大生命科学研究院基于Stereo-seq平台升级的专属临床样本解析方案，核心聚焦福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本的超高分辨率空间分子解析，通过创新解交联修复体系与全RNA捕获策略，攻克FFPE样本RNA降解、分子交联的技术瓶颈，实现500nm亚细胞分辨率下“组织形态-全转录组表达-空间定位”的三位一体解析，更能同步捕捉宿主细胞与微生物的原位互作轨迹。 临床中超过90%的病理样本以FFPE形式长期保存，这些“时间胶囊”封存着疾病发生发展的关键信息，却因传统技术局限成为难以解读的“黑匣子”。Stereo-seq FFPE技术的突破，不仅唤醒了全球海量临床存档样本的分子价值，更填补了“临床样本-空间组学-临床转化”的研究缺口，广泛应用于肿瘤精准诊疗、感染性疾病机制研究、罕见病病理溯源、抗体药物研发等领域，为国产空间组学技术落地临床提供了核心支撑。
原理介绍
Stereo-seq FFPE技术以“解交联修复-纳米级捕获-全RNA覆盖-空间定位”为核心逻辑，针对FFPE样本特性进行多重技术优化，实现低质量样本的高效解析，核心原理： 首先通过专属温和解交联流程，精准打破FFPE样本中RNA与蛋白质的交联键，同时修复长期保存导致的RNA断裂片段，最大程度恢复核酸分子活性，即使是RNA完整性极差（DV200＜30%）的样本也能高效适配。依托500nm间距的高密度纳米捕获芯片，将带独特空间条形码的探针均匀排布，单个捕获位点可精准对应亚细胞区域，实现远超传统技术的空间分辨率。 区别于传统poly(T)探针的局限性，该技术采用“万能钥匙”随机引物体系，无需依赖mRNA的poly(A)尾，可无偏捕获mRNA、lncRNA、snoRNA等全类型RNA分子，实现基因全长均匀覆盖与异常可变剪接事件解析。捕获的RNA分子被赋予专属空间条形码，经逆转录、扩增与文库构建后，结合高通量测序与图像配准技术，生成亚细胞分辨率的空间分子图谱，更可通过物种特异性序列比对，同步呈现宿主与微生物的原位基因活动轨迹。
文献案例
《Cell》发表了题为“Stereo-seq V2: Spatial mapping of total RNA on FFPE sections with high resolution”的研究，依托Stereo-seq FFPE核心技术，首次实现FFPE样本中宿主-微生物的高分辨率原位共分析，破解了临床样本解析与互作机制研究的双重难题。 研究纳入保存时长2-9年的乳腺癌、结核感染肺组织等FFPE样本，其中部分乳腺癌样本DV200＜30%，属于传统技术难以处理的低质量样本。通过Stereo-seq FFPE技术，成功绘制出乳腺癌组织中癌区、免疫浸润区、坏死区的精细空间分子图谱，精准区分不同亚型肿瘤细胞，同时捕获到传统技术遗漏的lncRNA、snoRNA等非编码RNA的空间表达特征，鉴定出与肿瘤耐药相关的异常可变剪接异构体。 在结核感染肺组织样本中，技术更同步定位了结核杆菌的动态分布与宿主免疫细胞的应答轨迹，首次在空间原位发现感染灶周围聚集着特异性B细胞克隆，这些细胞在靠近感染区时会发生基因突变并逐步成熟，清晰还原了“病原体-免疫细胞”的原位攻防互作场景。该研究证实了Stereo-seq FFPE技术在低质量样本解析、全RNA捕获及宿主-微生物共分析中的核心优势，为临床回顾性研究与精准诊疗靶点筛选提供了全新方案。
送样标准
组织块体积≥0.3cm×0.3cm×0.2cm，包埋完整无破损、无霉变，常温密封运输；固定时间控制在6-24小时（4%多聚甲醛），避免固定不足或过度交联；保存时长≤9年为佳，注明组织类型、病理分级及患者临床信息。
5-10μm厚连续切片，≥5张/份，置于防脱载玻片上，室温晾干后密封冷藏运输；切片无褶皱、脱片、污染，附带1张H&E染色切片用于病理定位；脱蜡前避免反复冻融，注明切片方位及关键病理区域。
优先选取包含肿瘤核心区、浸润边界、癌旁组织的完整样本；避免选取坏死面积＞30%的组织；注明肿瘤类型、分期、治疗史及随访结果，低质量样本（DV200＜30%）需提前标注，便于针对性优化修复参数。
优先选取病变与正常组织交界区域样本，注明感染病原体类型（如结核杆菌、病毒等）；严格遵守生物安全运输规范，避免样本污染；保存时长≤8年，确保病原体核酸未完全降解，便于宿主-微生物共分析。
组织块/切片需附带详细病理诊断报告与制备流程记录；样本量稀缺时可提供2-3张切片，注明样本珍贵性及取材位置；保存超5年的样本需提供RNA完整性预检测结果，技术可定制化优化实验方案。
交付内容
原始测序数据
Fastq格式原始测序reads、空间条形码分配统计、RNA修复与捕获效率原始数据、测序质量控制报告（GC含量、重复率）及纳米级位点信号强度分析。
数据分析报告
涵盖亚细胞分辨率基因表达空间图谱、全RNA（编码/非编码）表达分析、可变剪接事件鉴定、宿主-微生物（可选）原位共定位图谱、病理区域分子特征关联解读及可视化结果。
常见问题
依托双重核心优化：一是创新温和解交联修复流程，可精准解开长期保存形成的RNA-蛋白交联键，修复断裂的RNA片段，恢复其分子活性；二是随机引物不依赖poly(A)尾，可捕获所有RNA片段，突破传统技术对完整mRNA的依赖，即使DV200＜30%的低质量样本也能高效解析。
无需提前预设目标病原体。该技术通过随机引物无偏捕获样本中所有RNA分子，结合专属生物信息学流程，通过物种特异性序列比对，自动区分宿主与微生物（细菌、病毒等）转录本，同步定位两者的空间分布，特别适合疑难感染性疾病的病原体溯源与互作机制研究。
