转录组学
精准捕捉基因表达动态，揭示调控机制，为您还原不同实验条件下基因的响应模式。
miRNA 测序
MiRNA测序（MicroRNA Sequencing, miR-seq）是针对长度约18-25nt的非编码小分子RNA（miRNA） 开展的高通量测序技术，通过精准捕获样本中所有miRNA分子，实现已知miRNA定量、新miRNA挖掘、序列变异及碱基修饰（如m⁶A）的系统性分析。其核心价值在于单碱基分辨率、全基因组覆盖度与高灵敏度,相较于传统qPCR，miR-seq可无偏向性检测低丰度miRNA，并发现物种特异性新miRNA或变异体；相较于芯片技术，动态范围更广，能更真实反映miRNA表达差异。MiRNA作为基因表达调控的核心分子，通过靶向mRNA降解或翻译抑制参与细胞增殖、分化、凋亡等生理过程，其表达异常与肿瘤、神经退行性疾病、代谢综合征等密切相关。因此，miR-seq已成为疾病标志物筛选、调控机制研究、药物靶点发现的关键技术。
原理介绍
MiRNA测序，样本处理与小RNA富集：RNA提取、质量验证。专项文库构建，二代测序文库，接头设计、逆转录与扩增；链特异性保留。高通量测序，二代平台：Illumina NovaSeq 6000、MiSeq，Q30比例≥85%。数据分析与功能解析。数据过滤：去除低质量reads、接头序列、rRNA/tRNA等非miRNA片段；miRNA鉴定，已知miRNA与miRBase数据库比对，定量表达量；新miRNA通过miRDeep2、miREvo等工具预测，结合二级结构验证；变异分析：检测isomiR、碱基编辑位点；功能注释：通过TargetScan、miRanda预测靶基因，结合GO/KEGG通路富集分析、miRNA-mRNA共表达网络。
文献案例
《iScience》期刊上发表的“Direct microRNA sequencing using Nanopore Induced Phase-shift Sequencing（NIPSS）”针对传统miR-seq无法保留修饰信息的痛点，开发纳米孔错位测序（NIPSS）技术，首次实现miRNA单分子直接测序。研究成功区分序列高度相似的miR-21（致癌）与miR-21+U（3'端单尿嘧啶添加变体），以及miR-21与let-7a（抑癌），分辨率达单碱基水平；在miR-21中人工引入m⁶A修饰，通过NIPSS信号差异准确定位修饰位点，相较于传统方法，首次实现miRNA修饰的单分子直接检测；读长15nt可区分99.5%人类miRNA，为癌症中miRNA修饰异常的研究提供新工具。
送样标准
≥ 100mg；脂肪、皮肤、骨头等RNA含量较低组织 ≥1g；
嫩叶根茎花果实≥500mg；种子≥2g；
≥106个；
新鲜采集≥5ml；
≥2管；
≥107个/300mg；
总量≥2μg，浓度≥ 100ng/μL，体积 ≥20μL；
交付内容
数据质量控制
RNA质量、测序质量、过滤结果。
miRNA鉴定与定量结果
已知miRNA表达量矩阵（RPM/TPM）、差异表达miRNA列表（log2FC、P值、FDR值）、火山图/热图；新miRNA预测序列（FASTA格式）、二级结构示意图、表达量；变异与修饰isomiR类型及占比（Illumina）、m⁶A等修饰位点与信号强度（NIPSS技术）。
功能分析结果
靶基因预测，TargetScan/miRanda预测结果表；通路富集GO/KEGG富集散点图、miRNA-mRNA共表达网络；数据库注释，miRBase编号、靶基因功能（关联Swiss-Prot、KEGG数据库）、疾病关联（OMIM数据库）。
分析与解读报告
差异miRNA核心集合、潜在标志物候选、关键调控通路；miRNA表达趋势与疾病/处理条件的关联、修饰/变异的生物学意义。
常见问题
优先选择EDTA或柠檬酸钠抗凝，避免肝素：肝素的弊端：会与RNA提取中的酚类物质结合，导致RNA纯度下降（OD260/230＜1.5），且抑制后续逆转录酶活性，降低文库构建效率；EDTA/柠檬酸钠优势：不影响RNA提取纯度，且能抑制RNA酶活性，miRNA稳定性更高（4℃保存24h降解率＜5%）；处理建议：若用肝素采血管，需通过肝素酶消化去除肝素，或重新采集样本（成本更高，建议提前规划抗凝方式）。
核心通过“预测+验证”策略，结合多公司分析工具： 1. 生物信息学预测：使用TargetScan、miRanda、PITA，取交集提高可靠性； 2. 表达相关性分析：对同一样本同步进行miR-seq与mRNA-seq，筛选负相关对； 3. 实验验证：双荧光素酶报告基因实验、细胞转染。
针对植物样本的专属处理方案：采样阶段：新鲜组织立即液氮速冻，避免多糖/多酚释放；若需长期保存，用含2% PVP的RNAlater浸泡；提取阶段：①使用植物专用RNA提取试剂盒，添加β-巯基乙醇；②裂解后加入氯仿/异戊醇（24:1）离心，去除蛋白与多酚；③用LiCl（2M）沉淀RNA，选择性去除多糖；纯化阶段：若OD260/230仍＜1.5，用Sevag法（氯仿/正丁醇4:1）进一步脱糖，或通过RNA纯化柱去除杂质；质控验证：Agilent 2100需观察小RNA峰（25-200nt）是否清晰，无弥散杂峰。
