转录组学
精准捕捉基因表达动态，揭示调控机制，为您还原不同实验条件下基因的响应模式。
全转录组测序
全转录组测序（Whole Transcriptome Sequencing），是一种高通量、无偏倚地全面分析细胞中所有RNA分子（包括mRNA和非编码RNA）的技术。它不仅能够定量基因表达水平，还能检测可变剪接、新转录本、融合基因、等位基因特异性表达及RNA编辑等多种转录组复杂特征。传统基因表达研究主要依赖于微阵列（microarray）技术，但其受限于已知序列探针的设计，无法发现新转录本或非编码RNA。随着高通量测序（NGS）技术的发展，RNA-Seq自2008年左右兴起，成为研究转录组的主流方法。
原理介绍
全转录组测序将细胞或组织中的总RNA提取后，构建cDNA文库，再利用高通通量测序平台（如Illumina）对cDNA进行深度测序，最终通过生物信息学分析重建转录组图谱。样本制备与质检： 提取高质量的总RNA（RIN值 ≥ 7.0， 28S/18S比值正常）。使用Agilent 2100等仪器进行质检。rRNA去除： 使用商业化的rRNA去除试剂盒（如Ribo-Zero）处理总RNA，高效去除rRNA。文库构建：长链RNA文库： 将去rRNA后的RNA进行片段化，以随机六聚体引物进行反转录，合成双链cDNA，经末端修复、加A尾、连接测序接头，PCR扩增富集。小RNA文库： 从总RNA中分离18-30nt的小RNA，直接连接3‘和5’特殊接头，反转录并PCR扩增。文库质检与定量： 使用Qubit进行精确定量，Agilent 2100检测文库片段大小分布。上机测序： 按比例混合不同文库，在Illumina NovaSeq/HiSeq平台上进行双端测序。建议数据量：长链RNA≥12 Gb/样本，小RNA≥10 M reads/样本。
文献案例
《Nature》期刊上发表"lincRNAs act in the circuitry controlling pluripotency and differentiation."首次在全转录组尺度上系统解析lincRNA在小鼠胚胎干细胞（ESC）中的功能。通过对226个ESC高表达lincRNA逐一进行shRNA敲低并结合基因表达谱分析，发现93%的lincRNA缺失显著改变数百个蛋白编码基因的表达，其影响程度与Oct4、Nanog等经典多能性因子相当。功能上，26个lincRNA对维持多能性至关重要——其敲低导致Nanog/Oct4等核心因子表达下降及ESC形态丧失；另有30个lincRNA在未分化状态下主动抑制特定谱系（如内胚层、中胚层）的分化程序。机制研究表明，这些lincRNA的启动子被多能性转录因子直接结合，并且约30%可物理结合PRC2、Jarid1b、HDAC1等染色质调控复合物，在反式调控下游基因。该工作以严谨的功能缺失证据确立了lincRNA作为ESC调控回路中不可或缺的功能元件，而非转录“噪音”。
交付内容
标准信息分析结果
序列比对统计与基因表达定量矩阵（涵盖所有RNA类型），RNA鉴定与特征分析，组间差异表达分析结果，差异mRNA的功能富集分析（GO与KEGG）。
高级定制化分析
关键小RNA靶基因分析：针对客户指定的sncRNA，提供其靶基因预测及后续的GO/KEGG富集分析，ceRNA调控网络构建：整合差异表达的miRNA、lncRNA、circRNA与mRNA，绘制核心调控网络图。
生物标志物模型分析
基于多样本表达谱，可进行疾病诊断或预后评估相关的预测模型构建（具体请咨询）。
其他分析
如可变剪接分析、基因融合检测等。
常见问题
全转录组必须选择rRNA去除法。polyA富集法会丢失绝大多数lncRNA、circRNA和不带polyA尾的mRNA，无法实现“全”转录组分析。
建库时，由于不同RNA类型的片段长度和结构特性不同，其捕获效率存在差异。标准化分析流程会分别处理，但绝对定量需谨慎。通常，比较同类型RNA在不同样本间的相对变化更可靠。
