轉錄組學
精準捕捉基因表現動態，揭示調控機制，為您還原不同實驗條件下基因的響應模式。
circRNA 測序
環狀RNA（circRNA）為一類共價閉合、無5′帽與3′ poly(A)尾的非編碼RNA分子，最早於1970年代在病毒中發現，但長期被視為剪接副產物。近年高通量測序技術揭示其在真核生物中廣泛存在，並具組織/發育階段特異性表達特徵。circRNA主要由反向剪接（back-splicing）形成，即下游剪接供體與上游剪接受體連接成環。其結構穩定（抗RNase R降解）、保守性強，於調控基因表達、miRNA海綿（sponge）、蛋白質互作及轉譯等方面發揮重要功能，與癌症、神經退化性疾病、心血管疾病等密切相關。
原理介紹
circRNA研究的核心原理基於其反向剪接的特性與環狀結構。區別於傳統的線性RNA剪接（將外顯子按基因體順序連接），circRNA透過下游的5′剪接位點與上游的3′剪接位點共價連接，形成環狀結構。
文獻案例
《Nat Commun》期刊發表 Zheng 等研究 "Circular RNA profiling reveals an abundant circHIPK3 that regulates cell growth by sponging multiple miRNAs"，首度系統揭示 circHIPK3 作為環狀 RNA 的核心功能。circHIPK3 由 HIPK3 基因第 2 外顯子經反向剪接（back-splicing）成環，在多種人類組織中廣泛表達。該研究顯示，circHIPK3 透過 miRNA 海綿（ceRNA）機制吸附 miR-124、miR-29、miR-379 等多個 miRNA，解除其對下游標的基因的抑制（如 IL6R、DLGAP1、BCL2 等），進而調控細胞增殖、凋亡與血管新生。在膀胱癌、肝細胞癌、肺癌、結直腸癌等多種腫瘤中，circHIPK3 皆呈現高表達並參與腫瘤進展。作為 circRNA 行使 ceRNA 功能的經典模型，circHIPK3 確立了環狀 RNA 在基因表達調控網絡中的關鍵節點地位，為後續非編碼 RNA 研究奠定重要基礎。
送樣標準
≥ 5 × 10⁶ 個。用足量TRIzol或專用保護劑充分裂解後，-80℃保存。或製成細胞沉澱，速凍後保存。確保細胞活性 >95%，徹底去除培養基。避免影響RNA萃取的試劑（如肝素）。
≥ 50 mg。離體後迅速用預冷PBS沖洗，切成≤ 50 mg的小塊，立即投入液氮速凍，隨後-80℃保存。心、肝、脾等富含核酸酶的器官，處理速度需更快。避免反覆凍融。
≥ 100 mg。選取新鮮幼嫩部位，用液氮速凍後研磨成粉末，-80℃保存。多酚多糖含量高的物種，建議諮詢特殊處理方案。
≥ 4 mL。使用EDTA或檸檬酸鈉抗凝管採集，4℃暫存，6小時內完成白血球分離或總RNA萃取。嚴禁使用肝素抗凝管，會嚴重抑制後續酵素反應。
≥ 2 mL。採血後2小時內，3000g離心10分鐘分離，分裝後-80℃保存。避免溶血，溶血會釋放大量背景RNA干擾檢測。
5-10片（厚度5-10 μm）。提供未染色的連續切片，置於無RNA酶的載玻片或離心管中。需同步提供對應的H&E染色切片用於病理評估，並註明切片日期。
交付內容
樣品品質與相關性評估
基於circRNA表達量的樣品間相關性熱圖、主成分分析（PCA）圖，直觀展示組間差異與組內重複性；circRNA全景鑑定與註釋、circRNA可變環化分析。
進階深度分析模組
差異表達circRNA分析、差異表達circRNA清單（包含表達量、差異倍數、P值及FDR值）、差異表達火山圖與聚類熱圖。
宿主基因功能與路徑富集
基因本體論（GO）富集分析、KEGG路徑富集分析、Reactome路徑富集分析。
競爭性內源RNA（ceRNA）調控網路預測
標的miRNA預測、circRNA-miRNA-mRNA調控網路建構、擴展功能預測。
客製化分析模組
融合基因來源環狀RNA（f-circRNA）分析。
常見問題
金標準是：① 跨反向剪接點設計發散性引物進行qRT-PCR驗證；② Sanger測序確認剪接點序列；③ 使用Northern Blot，觀察其遷移位置與線性RNA不同，且對RNase R有抗性。
目前常用規則是：以來源基因名稱為基礎，加上前綴「circ-」。例如，由基因HIPK3產生的環狀RNA可命名為circHIPK3。若一個基因產生多個circRNA，則按發表順序或環化外顯子編號區分（如circHIPK3_2, circHIPK3_exon2等）。
