轉錄組學
精準捕捉基因表現動態，揭示調控機制，為您還原不同實驗條件下基因的響應模式。
miRNA 測序
MiRNA測序（MicroRNA Sequencing, miR-seq）是針對長度約18–25nt的非編碼小分子RNA（miRNA）開展的高通量測序技術，透過精準捕獲樣品中所有miRNA分子，實現已知miRNA定量、新miRNA挖掘、序列變異及鹼基修飾（如m⁶A）的系統性分析。其核心價值在於單鹼基解析度、全基因體覆蓋度與高靈敏度；相較於傳統qPCR，miR-seq可無偏倚地檢測低豐度miRNA，並發現物種特異性新miRNA或變異體；相較於晶片技術，動態範圍更廣，能更真實反映miRNA表達差異。MiRNA作為基因表達調控的核心分子，透過標的mRNA降解或轉譯抑制參與細胞增殖、分化、凋亡等生理過程，其表達異常與腫瘤、神經退化性疾病、代謝症候群等密切相關。因此miR-seq已成為疾病標記物篩選、調控機制研究、藥物標的發現的關鍵技術。
原理介紹
MiRNA測序，樣品處理與小RNA富集：RNA萃取、品質驗證；專項文庫建構—二代測序文庫、接頭設計、逆轉錄與擴增、鏈特異性保留；高通量測序—二代平台：Illumina NovaSeq 6000、MiSeq，Q30比例≥85%；資料分析與功能解析—資料過濾：去除低品質reads、接頭序列、rRNA/tRNA等非miRNA片段；miRNA鑑定—已知miRNA與miRBase資料庫比對，定量表達量；新miRNA透過miRDeep2、miREvo等工具預測，結合二級結構驗證；變異分析—檢測isomiR、鹼基編輯位點；功能註釋—透過TargetScan、miRanda預測標的基因，結合GO/KEGG路徑富集分析、miRNA-mRNA共表達網路。
文獻案例
《iScience》期刊上發表之「Direct microRNA sequencing using Nanopore Induced Phase-shift Sequencing（NIPSS）」針對傳統miR-seq無法保留修飾資訊的痛點，開發奈米孔錯位測序（NIPSS）技術，首次實現miRNA單分子直接測序。研究成功區分序列高度相似的miR-21（致癌）與miR-21+U（3′端單尿嘧啶添加變體），以及miR-21與let-7a（抑癌），解析度達單鹼基層次；於miR-21中人為引入m⁶A修飾，透過NIPSS訊號差異準確定位修飾位點，相較於傳統方法首次實現miRNA修飾的單分子直接檢測；讀長15nt即可區分99.5%人類miRNA，為癌症中miRNA修飾異常的研究提供新工具。
送樣標準
≥ 100mg；脂肪、皮膚、骨頭等RNA含量較低組織 ≥1g；
嫩葉根莖花果實≥500mg；種子≥2g；
≥10⁶個；
新鮮採集≥5ml；
≥2管；
≥10⁷個/300mg；
總量≥2μg，濃度≥ 100ng/μL，體積 ≥20μL；
交付內容
資料品質管制
RNA品質、測序品質、過濾結果。
miRNA鑑定與定量結果
已知miRNA表達量矩陣（RPM/TPM）、差異表達miRNA清單（log2FC、P值、FDR值）、火山圖/熱圖；新miRNA預測序列（FASTA格式）、二級結構示意圖、表達量；變異與修飾isomiR類型及佔比（Illumina）、m⁶A等修飾位點與訊號強度（NIPSS技術）。
功能分析結果
標的基因預測，TargetScan/miRanda預測結果表；路徑富集GO/KEGG富集散點圖、miRNA-mRNA共表達網路；資料庫註釋，miRBase編號、標的基因功能（關聯Swiss-Prot、KEGG資料庫）、疾病關聯（OMIM資料庫）。
分析與解讀報告
差異miRNA核心集合、潛在標記物候選、關鍵調控路徑；miRNA表達趨勢與疾病/處理條件的關聯、修飾/變異的生物學意義。
常見問題
優先選擇EDTA或檸檬酸鈉抗凝，避免肝素：肝素弊端—會與RNA萃取中的酚類物質結合，導致RNA純度下降（OD260/230＜1.5），且抑制後續逆轉錄酵素活性，降低文庫建構效率；EDTA/檸檬酸鈉優勢—不影響RNA萃取純度，且能抑制RNA酶活性，miRNA穩定性更高（4℃保存24h降解率＜5%）；處理建議—若用肝素採血管，需透過肝素酶消化去除肝素，或重新採集樣品（成本更高，建議提前規劃抗凝方式）。
核心透過「預測+驗證」策略，結合多公司分析工具：1. 生物資訊預測—使用TargetScan、miRanda、PITA，取交集提高可靠性；2. 表達相關性分析—對同一樣品同步進行miR-seq與mRNA-seq，篩選負相關對；3. 實驗驗證—雙螢光素酶報告基因實驗、細胞轉染。
針對植物樣品的專屬處理方案：採樣階段—新鮮組織立即液氮速凍，避免多醣/多酚釋放；若需長期保存，用含2% PVP的RNAlater浸泡；萃取階段—①使用植物專用RNA萃取試劑盒，添加β-巰基乙醇；②裂解後加入氯仿/異戊醇（24:1）離心，去除蛋白與多酚；③用LiCl（2M）沉澱RNA，選擇性去除多醣；純化階段—若OD260/230仍＜1.5，用Sevag法（氯仿/正丁醇4:1）進一步脫糖，或透過RNA純化柱去除雜質；品質驗證—Agilent 2100需觀察小RNA峰（25–200nt）是否清晰，無彌散雜峰。
