蛋白組學
解析蛋白質體組成，挖掘關鍵生物標記物，從功能執行終端解讀生命機理。
Astral-DIA 蛋白質組
Astral-DIA 蛋白組學基於新一代 OrbitrapTM AstralTM 高解析質譜儀，結合四極桿、軌道阱與全新非對稱軌道無損質量分析器，具更高通量、更深覆蓋、更高靈敏度，可實現大規模蛋白組學研究與不同物種蛋白質組圖譜深度覆蓋，助於深入理解蛋白於生物過程中的功能與調控機制。相較常規 DIA（含 4D-DIA），Astral-DIA 具通量突破、靈敏度極致、定量精準之優勢。
原理介紹
Astral-DIA 蛋白組學先以品質評估與前處理整理搜庫定性定量資料，接續進行表達層次分析與功能分析，透過多個常見資料庫對鑑定結果進行功能註釋。針對篩選出差異者，進行 GO 分析、Pathway 分析與互作分析，並以火山圖、表達模式聚類熱圖與 Venn 分析展示差異結果。依資料特性，研究者可挑選感興趣者及其相關功能或路徑，進行後續重點研究與驗證。
文獻案例
《Microbiome》所刊 “The astounding exhaustiveness and speed of the Astral mass analyzer for microbiomes” 採用 Astral-DIA 對人類腸道微生物組（糞便樣本）、土壤微生物組進行蛋白質組分析，挖掘微生物功能基因與代謝路徑。腸道微生物組單次鑑定 18,760 個蛋白，覆蓋 1,200 種微生物（含 150 種低豐度菌，相對豐度＜0.1%）；土壤微生物組鑑定 21,340 個蛋白，成功註釋氮循環相關功能基因（如固氮酶 nifH）與抗生素抗藥基因（如 ermF）；30 分鐘梯度可完成 1 個微生物組樣本分析，較傳統 DIA 節省 70% 時間；以蛋白表達量推測微生物代謝活性，發現腸道中雙歧桿菌之多醣降解酶（如 GH43 家族）表達量與宿主膳食纖維攝取正相關（r=0.72）。實現微生物組「功能層次」快速解析，為腸道健康與環境微生物調控提供功能依據。
交付內容
資料品質控制報告
樣本品質：蛋白萃取量、胜肽回收率、SDS-PAGE 電泳圖（驗證蛋白完整性）；質譜採集品質：Astral 掃描速度（≥200 Hz）、DIA 視窗覆蓋度、Q30 比例、胜肽鑑定數；定量品質：蛋白定量 CV 值分布、缺失值比例、生物學重複相關性；特殊指標：單細胞樣本之分選效率、微生物樣本之宿主污染率。
蛋白定量與註釋結果
表達量矩陣：蛋白層級 FPKM/Intensity 值或報告離子強度，含 log2FC、P 值、FDR 值；差異分析結果：差異蛋白清單、火山圖、熱圖；資料庫註釋：UniProt 功能描述、亞細胞定位、結構域資訊、PTM 位點；特殊分析：單細胞樣本細胞聚類結果（t-SNE/UMAP 圖）、微生物樣本物種–功能關聯表。
功能分析結果
路徑富集：GO、KEGG、Reactome 富集散點圖（Top20 路徑）；蛋白互作網絡：以 STRING 資料庫建構 PPI 網絡並標註核心節點蛋白；客製化分析：如臨床樣本 ROC 曲線、微生物樣本代謝路徑活性評分。
分析與解讀報告
核心結論：關鍵差異蛋白集合、功能路徑核心節點、樣本異質性特徵（單細胞/微生物）；結果解讀：差異蛋白之生物學意義、Astral-DIA 技術優勢體現。
常見問題
支援，且為目前唯一支援 TMTpro 32 標的 DIA 技術。標記能力：①相容 TMTpro 16 標/32 標，其中 32 標可同時分析 31 個樣本＋1 個品質管控樣本；②標記效率≥98%，無標記干擾。優勢場景：①臨床大隊列可分 10 批（32 標/批）完成，減少批次效應；②多時間點/多處理組研究，一次完成定量。
會有影響，但可經前處理去除。宿主 DNA/RNA 與胜肽競爭離子化，致微生物蛋白偵測率下降 20%–30%；①樣本前處理：使用宿主 DNA/RNA 去除試劑盒，去除率≥95%；②酶解優化：延長酶解至 20 小時，確保微生物蛋白充分裂解；③資料分析：採「微生物專屬資料庫」避免宿主蛋白干擾；效果驗證：處理後宿主污染率≤5%，微生物蛋白鑑定數提升 40%。
