蛋白組學
解析蛋白質體組成，挖掘關鍵生物標記物，從功能執行終端解讀生命機理。
PRM 靶向蛋白質組
PRM 靶向蛋白組學（Parallel Reaction Monitoring Targeted Proteomics）為依託高解析質譜開發的精準靶向定量蛋白組學方法，聚焦「已知目標蛋白/胜肽」的特異性檢測與定量。透過預先設定質譜採集參數對目標分子進行靶向掃描，從複雜樣本高效捕獲、精準定量目標蛋白（及修飾位點）。核心價值在於解決傳統靶向技術（如 ELISA）通量低、交叉反應干擾大，以及非靶向蛋白組學定量準確性不足、低豐度蛋白難偵測之痛點。
原理介紹
PRM 為基於 LC-MS/MS 的靶向蛋白分析技術，能對目標蛋白、目標胜肽（含翻譯後修飾胜肽）進行高選擇性、特異性、重複性與準確性檢測，實現目標蛋白/胜肽的相對或絕對定量分析。核心原理為目標胜肽預設、靶向質譜採集、精準定量分析，流程：樣本前處理與蛋白製備、目標胜肽篩選與方法建立、PRM 靶向質譜採集、資料分析與定量校正。
文獻案例
《Proteomics》所刊 “Parallel-reaction monitoring revealed altered expression of a number of epitranscriptomic reader, writer, and eraser proteins accompanied with colorectal cancer metastasis” 結合 PRM 靶向蛋白組學與 SILAC 穩定同位素標記技術，分析匹配的原發性/轉移性大腸直腸癌細胞（SW480/SW620）中表觀轉錄組「讀–寫–擦」蛋白（RWE）的差異表達。結果顯示 113 種非冗餘 RWE 蛋白被定量，其中 48 種於轉移性細胞（SW620）顯著上調（>1.5 倍）、5 種顯著下調。功能分析發現上調的 NAT10、hnRNPC、DKC1 等蛋白於大腸直腸癌及其他癌症轉移中扮演重要角色；DUS1L 異常表達與大腸直腸癌發生及轉移轉化相關。研究證實 PRM 可有效辨識癌症轉移相關表觀轉錄組調控蛋白，為大腸直腸癌精準治療提供新潛在標靶。
送樣標準
新鮮組織≥50mg（動物組織）、≥200mg（植物組織）； FFPE 組織：5–10μm 切片≥10 張，組織面積≥20mm²；
貼壁細胞≥2×10⁶個；懸浮細胞≥3×10⁶個；
血清/血漿≥1mL（常規檢測）、≥3mL（低豐度蛋白）； 尿液/腦脊髓液：尿液≥5mL、腦脊髓液≥1mL；
蛋白≥50μg（常規檢測）、≥100μg（低豐度蛋白）； 胜肽≥20μg。
交付內容
資料品質控制報告
樣本品質：蛋白萃取量、胜肽回收率、目標胜肽偵測率； 質譜檢測品質：碎片離子峰解析度、Q30 比例、目標胜肽峰形評分； 定量品質：目標蛋白定量 CV 值、生物學重複相關性、內標回收率。
蛋白定量與註釋結果
定量矩陣：目標蛋白/胜肽之相對豐度（峰面積比值）或絕對濃度（pg/ml，含內標校正）、FC 值、P 值、FDR 值； 差異分析結果：差異目標蛋白清單（|FC|≥1.2、P<0.05）、定量柱狀圖/熱圖、目標胜肽碎片離子圖譜； 資料庫註釋：目標蛋白功能描述、亞細胞定位、已知疾病關聯、修飾位點資訊。
功能分析結果
目標蛋白關聯分析：GO/KEGG 路徑富集圖； 臨床價值分析：ROC 曲線（診斷效能）、生存分析曲線； 方法學驗證報告：線性範圍、偵測限（LOD）、定量限（LOQ）、回收率驗證結果。
分析與解讀報告
核心結論：目標蛋白之定量結果、差異顯著性、與研究表型關聯強度； 結果解讀：核心目標蛋白之生物學意義。
常見問題
經樣本前處理與方法優化提升偵測率：①樣本層面：增加起始樣本量，使用高豐度蛋白去除試劑盒減少干擾；②胜肽層面：選離子化效率高的特徵胜肽，添入穩定同位素內標校正損失；③質譜層面：提高目標胜肽掃描次數（≥20 次）、延長梯度洗脫時間（60–90 分鐘）、優化碰撞能量提升碎片離子訊號強度。
多重驗證保障：①方法學驗證：檢測線性範圲（R²≥0.99）、偵測限（LOD）、回收率（90%–110%）；②交叉驗證：與 Western blot 對比，高豐度蛋白一致性達 85% 以上，低豐度蛋白達 70% 以上；③內標校正：添入同位素標記內標，校正樣本處理、酶解、質譜檢測過程誤差，絕對定量偏差≤10%。
可以，須針對性優化實驗設計：①樣本前處理：添入去修飾酶抑制劑，避免修飾位點流失；②胜肽選擇：優先選含單一修飾位點之胜肽，避免多修飾位點干擾；③質譜參數：優化碰撞能量，選修飾位點特異性碎片離子定量；④定量校正：添入修飾位點同位素內標胜肽，確保定量準確性。
