蛋白組學
解析蛋白質體組成，挖掘關鍵生物標記物，從功能執行終端解讀生命機理。
藥物靶點蛋白質組
藥物標的蛋白質組學整合定量蛋白質組學（Label-free/DIA/TMT）與化學蛋白質組學策略（如 Thermal Proteome Profiling TPP、Activity-Based Protein Profiling ABPP），系統性鑑定藥物直接結合標的蛋白、脫靶效應、標的參與路徑，貫穿藥物標的發現、MoA 解析、臨床轉化全鏈條。
原理介紹
藥物處理細胞/組織樣本後進行蛋白萃取與酶解，化學蛋白質組學方法（TPP/ABPP 等）處理樣本，LC-MS/MS 高解析質譜檢測，透過劑量-反應熔解曲線或競爭性結合分析識別標的，結合蛋白質相互作用網絡（PPI）與路徑富集分析定位核心標的蛋白與調控網絡。
實驗流程
樣本前處理與蛋白製備
樣本以預冷 PBS 清洗、液氮驟冷、勻漿裂解，BCA/Bradford 法定量；DTT 還原、IAA 烷基化後胰蛋白酶充分酶解；
胜肽純化與分級
C18 Cartridge 除鹽並真空凍乾以去除鹽離子；可選 HPLC 反相分級（10-20 餾分）提升整體鑑定深度與覆蓋率；
LC-MS/MS 檢測
奈米流速 HPLC 聯用高解析質譜平台分離與偵測，以 DDA 或 DIA 模式採集並解析胜肽訊號，全面獲取高品質圖譜資料以供分析；
資料庫檢索與定量
以搜尋引擎比對 UniProt 或自定義資料庫（FDR <1%），完成蛋白/胜肽鑑定並輸出完整定量矩陣，全面支撐後續定量分析；
生資分析
差異蛋白篩選（|FC| ≥1.5, P <0.05）、GO/KEGG 路徑富集、PPI 網絡、聚類熱圖、火山圖，全面呈現分析結果。
送樣標準
常規動物組織（肝、心、腦、皮膚、腎、腸道、肌肉、各種腺體等）≥10 mg（風險 5 mg），人源臨床組織樣本建議 ≥10 例生物重複，常規動物組織 ≥3 例生物重複；
貼壁細胞 ≥5×10⁶ 個，懸浮細胞 ≥1×10⁷ 個；
血清/血漿 ≥100 μL（風險 50 μL），尿液 ≥1 mL（風險 0.5 mL），腦脊髓液 ≥1 mL；
蛋白總量 ≥100 μg，胜肽總量 ≥50 μg；
液氮驟冷後 -80℃ 保存（≤3 年），分裝多管避免反覆凍融，乾冰寄送。
交付內容
資料品質管控報告
樣本品質（蛋白萃取量、胜肽回收率）；質譜檢測品質（胜肽鑑定數、蛋白鑑定數、Q30 比例、蛋白鑑定 FDR）；
蛋白定量與註釋結果
定量表達矩陣（FPKM/Intensity、FC 值、P 值、FDR 值）；差異蛋白清單、火山圖、熱圖；資料庫註釋（UniProt + metagenome 自建庫）；
功能分析結果
GO/KEGG 路徑富集（Top 20）、蛋白質相互作用網絡（PPI）、差異蛋白聚類熱圖；多組學關聯分析（可選）；
分析與解讀報告
核心結論（關鍵蛋白集合、潛在生物標記、關鍵調控路徑）；結果解讀（核心蛋白的功能機制、與疾病/表型的關聯）。
常見問題
依研究目的選擇：①DIA（4D-DIA / Astral-DIA）：通量高、定量準、覆蓋廣，適合大規模發現/大隊列；②DDA（PRM / 修飾定量）：靈敏度高、修飾位點定位準，適合標靶驗證與修飾組學；③TMT 標記：可同時定量最多 16 個樣本，適合中等規模隊列；④Label-free：無需標記、靈活，適合小樣本與多類型樣本混合研究。
多組學聯合分析核心：①樣本一致性：必須使用同一來源、同批次處理的樣本，避免樣本差異導致關聯偏差；②調控方向匹配：關注蛋白表達趨勢與 mRNA 一致/互補的分子，mRNA 無差異但蛋白上調提示轉譯後調控；③路徑聚焦：取多組學共同富集的路徑，鎖定核心調控軸；④工具支援：使用 Metascape、String 等建構「mRNA-蛋白-代謝物」網絡。
