蛋白組學
解析蛋白質體組成，挖掘關鍵生物標記物，從功能執行終端解讀生命機理。
蛋白質鑑定
蛋白定性分析（Protein Qualitative Analysis）為透過生物化學與質譜技術，系統性鑑定樣本中蛋白種類、胺基酸序列、翻譯後修飾位點及結構特徵的核心技術。核心價值在於解決「樣本中有哪些蛋白」的基礎問題，不僅能明確已知蛋白身分，還能發現新蛋白、異構體與異常修飾形式，為後續功能研究與標誌物篩選提供核心依據。蛋白定量與定性分析為理解生物體功能與機制的工具。蛋白作為生命活動關鍵執行者，其數量與種類變化直接影響生理與病理過程。定性分析側重辨識與確認樣品中存在的蛋白種類及其結構特徵，協助研究者揭示生物分子網絡與訊號路徑的複雜性。蛋白定量與定性分析於醫學、農業、生物技術等領域具廣泛應用，如藥物研發中分析藥物處理前後細胞或組織蛋白變化，驗證藥物標靶效果與潛在副作用。
原理介紹
蛋白定性分析的發展離不開質譜技術進步。質譜儀以其高靈敏度與高解析度成為蛋白組學研究核心工具。定量常用方法含標記法與無標記法：標記法如 SILAC（穩定同位素標記）與 iTRAQ（同位素標籤相對與絕對定量），經引入穩定同位素比較不同樣品蛋白豐度。步驟：樣本前處理與蛋白萃取、蛋白分離與富集、胜肽製備、質譜檢測與資料分析、資料庫比對。
文獻案例
《Nature Communications》所刊 “Silicon-rhodamine-enabled near-infrared light-controlled proximity labeling for in vivo and in vitro protein interaction analysis” 開發基於矽羅丹明（SiR）的近紅外光控鄰位標記技術（SeeID），整合螢光成像與鄰位標記優勢。SiR 分子作為螢光團與光催化劑，與 Halo-Tag 共價結合後，於 660 nm 近紅外光照下生成單線態氧，氧化鄰近蛋白的組織胺酸殘基，實現目標蛋白（POI）鄰近蛋白的共價標記，後續經質譜（LC-MS/MS）解析互作組。該技術具高空間特異性（標記訊號與胞器標誌物皮爾森係數達 0.83–0.94）、深組織穿透性（小鼠大腦標記深度達 2 mm）及低細胞毒性（SiR 僅於結合 Halo-Tag 時激活標記）等優勢。團隊以 PINK1/Parkin 介導的粒線體自噬為模型，經 SeeID 追蹤 Parkin translocation 過程中互作組的動態變化（如 2 h 時蛋白酶體複合物相關蛋白豐度上升），揭示粒線體自噬早期的蛋白降解機制。該技術為活細胞與體內蛋白互作研究提供「成像–標記」一體化全新工具。
送樣標準
新鮮組織≥100mg（動物組織）、≥300mg（植物組織）； FFPE 組織：5–10μm 切片≥10 張，組織面積≥20mm²；
貼壁細胞≥2×10⁶個； 懸浮細胞≥3×10⁶個；
血清/血漿≥1mL（常規檢測）、≥3mL（低豐度蛋白分析）； 尿液/腦脊髓液：尿液≥5mL、腦脊髓液≥1mL； 唾液≥3mL；
純蛋白樣本≥20μg； 重組蛋白/抗體樣本≥50μg； 胜肽樣本≥10μg。
交付內容
資料品質控制報告
樣本品質：蛋白萃取量、胜肽回收率、胜肽純度； 質譜檢測品質：胜肽鑑定數、蛋白鑑定數、Q30 比例、蛋白鑑定 FDR； 鑑定品質：平均序列覆蓋率、特徵胜肽匹配數、修飾位點信賴度評分。
蛋白鑑定與註釋結果
鑑定清單：所有高信賴度蛋白之名稱、分子量、等電點、胜肽匹配數、序列覆蓋率、信賴度評分； 修飾定性結果：修飾蛋白名稱、修飾位點、修飾類型、位點信賴度； 資料庫註釋：蛋白功能描述、亞細胞定位、已知疾病關聯、蛋白結構域預測； 新蛋白/異構體分析：新蛋白序列、異構體剪接位點、與已知蛋白同源性比對結果。
功能分析結果
蛋白功能分類：GO 功能富集分析圖； 路徑關聯分析：KEGG 路徑富集圖（Top20 路徑），聚焦鑑定蛋白參與之核心生物學路徑； 蛋白互作預測：基於 STRING 資料庫建構核心蛋白互作網絡示意圖。
分析與解讀報告
核心結論：樣本中主要蛋白類別、關鍵特異性蛋白、修飾特徵總結； 結果解讀：核心蛋白之生物學意義、技術優勢說明。
常見問題
經樣本前處理＋技術優化提升偵測率：①樣本層面：增加起始樣本量，使用高豐度蛋白去除試劑盒減少干擾；②分離層面：採二維電泳或強陽離子交換層析預分離，富集低豐度蛋白；③質譜層面：延長梯度洗脫時間，提高低豐度胜肽掃描次數，使用高解析質譜；④資料分析層面：降低 FDR 篩選閾值，結合生物資訊工具預測低豐度蛋白候選。
經多重交叉驗證確認：①技術重複驗證：同一樣本獨立實驗 2–3 次，核心蛋白偵測一致性≥90%；②交叉技術驗證：以 Western blot、免疫螢光或 ELISA 檢測核心蛋白，確認其在樣本中真實存在；③胜肽驗證：對關鍵蛋白特徵胜肽進行 PRM 靶向驗證，確認胜肽序列正確性；④資料庫比對驗證：同時使用 Mascot、SEQUEST 等多套軟體比對，一致鑑定之蛋白可信度更高。
