蛋白組學
解析蛋白質體組成，挖掘關鍵生物標記物，從功能執行終端解讀生命機理。
CO-IP-MS
Co-IP-MS（Co-Immunoprecipitation-Mass Spectrometry）為免疫共沉澱（Co-IP）與質譜（MS）聯用核心技術，聚焦蛋白質–蛋白質相互作用（PPI）的系統性鑑定與驗證。原理是以特異性抗體捕獲目標蛋白（誘餌蛋白），同時拉取直接/間接結合的互作蛋白，再經高解析質譜鑑定與定量複合物中蛋白，揭示目標蛋白參與的調控網絡。免疫共沉澱以抗體與抗原專一性作用為基礎，是研究完整細胞內生理性蛋白互作的有效方法。細胞於非變性條件裂解時，多數蛋白–蛋白間相互作用被保留，以特異性抗體或親和試劑抓取目標蛋白及其互作蛋白，再經質譜檢測以鑑定互作蛋白。
原理介紹
Co-IP-MS 技術基於免疫沉澱原理，以特異性抗體捕獲目標蛋白及其互作夥伴，再經質譜分析鑑定這些蛋白，能於複雜生物樣本準確辨識與定量蛋白及其相互作用。流程：樣本前處理與蛋白萃取、免疫共沉澱捕獲互作複合物、蛋白分離與質譜樣品製備、質譜鑑定與資料分析。
文獻案例
《Molecular Plant》所刊 “Natural variations of maize ZmLecRK1 determine its interaction with ZmBAK1 and resistance patterns to multiple pathogens” 經全基因體關聯分析定位廣譜抗病基因 ZmLecRK1，發現其存在抗病（ZmLecRK1Qi319）與感病（ZmLecRK1TY4）兩種單倍型。研究者利用 Co-IP-MS 鑑定 ZmLecRK1 的關鍵互作蛋白——富含白胺酸的重複激酶 ZmBAK1。進一步實驗（菸草瞬時表達、玉米原生質體、突變體分析）證實，ZmLecRK1Qi319 誘發的細胞死亡及多病原體抗性（蚜蠅、玉米小斑病菌、立枯絲核菌）依賴 ZmBAK1 存在。研究解析玉米 ZmLecRK1–ZmBAK1 互作網絡於抗病中的作用，為作物廣譜抗病育種提供分子依據。
送樣標準
≥20μg
≥500μL
粒數≥50 粒
Co-IP/IP-MS：單一樣品>3.0g，WB：單一樣品>0.5g；
Co-IP/IP-MS：單一樣品>1.0g，WB：單一樣品>0.1g
交付內容
資料品質控制報告
實驗品質：Co-IP 洗脫產物純度、胜肽回收率； 質譜檢測品質：胜肽鑑定數、蛋白鑑定數、Q30 比例、蛋白鑑定 FDR； 互作篩選品質：誘餌蛋白偵測率（100%）、對照組（IgG）非特異性蛋白占比、生物學重複相關性。
互作蛋白鑑定與註釋結果
鑑定清單：所有捕獲蛋白之名稱、分子量、胜肽匹配數、序列覆蓋率、表達量（Intensity）； 差異篩選結果：特異性互作蛋白清單、火山圖、熱圖； 資料庫註釋：互作蛋白功能描述（UniProt）、亞細胞定位、已知互作關係（STRING 資料庫）、與誘餌蛋白結合域預測。
功能分析結果
蛋白互作網絡：以 STRING 資料庫建構 PPI 網絡示意圖，標註核心互作節點； 路徑富集分析：GO/KEGG/Reactome 富集散點圖（Top20 路徑），聚焦互作網絡參與之核心生物學過程；
分析與解讀報告
核心結論：核心特異性互作蛋白集合、互作網絡核心功能、與研究表型關聯； 結果解讀：關鍵互作蛋白之生物學意義、潛在分子機制假說； 建議方案：後續驗證方向、功能實驗設計。
常見問題
針對特殊定位蛋白專屬優化：①膜蛋白：使用含去污劑裂解液，維持膜蛋白天然構象；避免高鹽洗滌，可添脂質穩定劑；②核蛋白：以核蛋白萃取試劑盒分離細胞核，用低鹽裂解液（10mM Tris-HCl）萃取，避免破壞核內蛋白複合物；③抗體選擇：優先選辨識蛋白胞內結構域之抗體，避免膜蛋白抗體僅辨識胞外域；④驗證層面：經細胞分餾實驗確認誘餌蛋白亞細胞定位，確保萃取方法有效。
分三步驗證：①reciprocal Co-IP：以候選互作蛋白特異性抗體進行 IP，檢測能否拉取誘餌蛋白，驗證互作雙向性；②免疫螢光共定位：以雷射共聚焦顯微鏡觀察誘餌蛋白與候選互作蛋白於細胞內共定位，提供空間互作證據；③功能驗證：沉默/過表達候選互作蛋白，檢測誘餌蛋白功能變化，驗證互作功能相關性。
核心差異聚焦實驗體系、互作類型、適用場景：①Co-IP-MS：體內生理體系，捕獲天然互作（直接＋間接），適合互作蛋白篩選與鑑定；②酵母雙雜交：體外異源體系，僅檢測直接互作，適合初篩互作候選；③FRET：細胞內即時檢測，驗證直接互作並量化結合強度；④選擇建議：初篩互作用酵母雙雜交，驗證並鑑定互作蛋白用 Co-IP-MS，量化直接互作用 FRET。
