表觀遺傳學
解析非序列層面的遺傳修飾規律，探索環境如何透過修飾影響基因表現。
CUT&Tag
Cut&Tag (Cleavage Under Targets and Tagmentation) 是 Steven Henikoff 實驗室於 2019 年開發的一項革命性新技術。在表觀遺傳學研究中，繪製全基因體範圍的蛋白質—DNA 相互作用圖譜至關重要。傳統技術如染色質免疫沉澱測序（ChIP-seq）是金標準，但存在固有缺點：需大量起始細胞（通常百萬級）、相互連結可能引入偏差、實驗流程長、背景雜訊較高。CUT&TAG 旨在解決 ChIP-seq 的痛點。CUT&TAG 在細胞內、原位完成免疫標的與 DNA 切割，直接富集目標蛋白結合的 DNA 片段，因此具備極高信噪比、所需細胞量極少（低至 60 個細胞）、流程快速、解析度高等突出優勢，迅速成為表觀遺傳學研究的新利器。
原理介紹
CUT&TAG 的原理基於蛋白質 A-Tn5 融合蛋白（pA-Tn5）的定向標籤化活性。原位免疫結合：將通透後的細胞核與特異性一抗孵育，一抗辨識目標蛋白（如轉錄因子、組織蛋白修飾）。pA-Tn5 融合蛋白結合：加入 pA-Tn5 融合蛋白，蛋白質 A 部分與一抗的 Fc 段高親和力結合，將 Tn5 轉座酶精準導航至目標蛋白的結合位點。激活與標籤化：加入 Mg²⁺ 激活 Tn5，在原位對附近基因體 DNA 進行切割並同時連接測序接頭（即「標籤化」）。DNA 片段釋放與測序：透過升溫或加入 SDS 使細胞裂解，釋出帶接頭的短 DNA 片段，即代表目標蛋白的結合區域，隨後進行 PCR 擴增與建庫測序。
文獻案例
《Nature Genetics》期刊發表「Automated CUT&Tag profiling of chromatin heterogeneity in mixed-lineage leukemia.」研究論文，運用自主研發的自動化 Cut&Tag/Cut&RUN 技術，對 KMT2A 重排白血病樣品進行高通量染色質圖譜分析，發現不同 KMT2A 融合蛋白特異性結合標的基因基因體區域，並在啟動子處形成動態「二價」染色質（H3K4me3/H3K27me3 共存）；透過單細胞 Cut&Tag 揭示此「二價」狀態實為腫瘤內細胞間染色質異質性的體現，從而解釋白血病細胞在髓系與淋系間轉換的譜系可塑性機制；同時研究亦表明融合伴侶類型影響 DOT1L、Menin 等共因子招募能力，可據此預測患者對相應抑制劑的敏感性，凸顯自動化表觀基因體分析在精準診療中的應用潛力。
送樣標準
≥20 萬個細胞/樣品
>300 mg。
幼嫩葉片≥0.3 g/份，種子/根/莖≥0.5–1 g/份
交付內容
實驗內部品質控制分析
片段大小分布、TSS 富集分析、全基因體覆蓋評估、樣品間相關性分析。
標準分析
Peak 辨識與基礎註釋，Peak Calling、Peak 基礎統計、基因體特徵註釋
功能富集分析
Peak 關聯基因鑑定、GO 與 KEGG 富集分析
Motif 分析
De novo Motif 發現、已知 Motif 匹配
進階分析
多組比較與差異 Peak 分析
常見問題
1）抗體依賴性：結果高度依賴一抗的特異性與親和力。2）對難通透樣品不友善：如植物細胞、真菌、某些組織切片，可能需優化通透條件。3）定量性爭議：因為原位富集，峰高是否嚴格與蛋白結合量線性相關存在討論，更適合定性或半定量比較。
背景高：細胞通透過度或不足；抗體濃度過高或非特異性結合；pA-Tn5 過量或含游離 Tn5；DNA 純化過程引入污染。無訊號：抗體失效或不適用於 Cut&Tag；pA-Tn5 失活；Mg²⁺ 激活步驟失敗；PCR 擴增失敗。
