表觀遺傳學
解析非序列層面的遺傳修飾規律，探索環境如何透過修飾影響基因表現。
RIP-Seq
RIP-seq（RNA Immunoprecipitation sequencing，RNA免疫沉澱測序）是一種研究RNA與蛋白質相互作用的高通量測序技術，廣泛用於鑑定特定RNA結合蛋白（RBP）在全轉錄組尺度的結合RNA標的。RBP於轉錄後調控扮演關鍵角色，包含mRNA剪接、轉運、穩定性、轉譯及降解等。為全面解析RBP功能與調控網路，需明確其在細胞內直接結合的RNA標的。傳統方法如CLIP（Crosslinking and Immunoprecipitation，交聯免疫沉澱）依賴紫外線交聯以固定RNA–蛋白複合物，而RIP-seq通常不進行交聯（或使用甲醛輕度交聯），適用於研究天然狀態下穩定結合的RNA–蛋白複合物。自2000年代末發展以來，RIP-seq已成為研究RBP–RNA互作的重要工具，特別適用於與RNA形成較穩定複合物的蛋白（如核糖體蛋白、剪接因子、mRNA穩定性調控因子等）。
原理介紹
RIP-seq透過專一性抗體富集目標RNA結合蛋白及其結合的RNA，隨後對共沉澱的RNA進行高通量測序，以鑑定該蛋白在全轉錄組尺度的結合位點或標的RNA。RIP-seq通常不交聯或使用可逆交聯（如甲醛），保留天然複合物，但可能包含間接結合。
文獻案例
《Molecular Cell》期刊發表之「Transcriptome-wide analysis of regulatory interactions of the RNA-binding protein HuR.」綜合運用PAR-CLIP與傳統RIP技術，於HeLa細胞系統解析RNA結合蛋白HuR（ELAVL1）的全轉錄組互作網路。研究鑑定約26,000個高置信度HuR結合位點，主要富集於mRNA的3′UTR區域，並顯著富集經典AU-rich元件（ARE）及高親和力基序如UUUUAUU與UAUUUAU。值得注意的是，約30–35%的結合位點位於內含子，且高度保守、靠近3′剪接位點，提示HuR可能參與前驅mRNA剪接調控。功能驗證顯示，HuR基因靜默導致數千個標的基因mRNA層次與蛋白合成顯著下降，證實其廣泛的mRNA穩定作用。此外，HuR結合位點常與miRNA種子區相鄰但極少重疊；HuR缺失更特異性上調miR-7，首次揭示HuR對特定miRNA的負調控。該研究不僅確立HuR作為全局性mRNA穩定性調控因子的地位，也為理解RBP與miRNA協同調控提供新視角。
送樣標準
用量需求
1 × 10⁷ 個細胞
500 mg
1.0 g
交付內容
標準分析內容
Peak辨識與註釋、標的基因功能富集分析、序列基序分析：從頭預測RBP結合基序，並與已知資料庫比對。
進階分析 多組比較
差異結合位點分析。 剪接調控關聯：分析Peak與可變剪接事件的空間關係。 單核苷酸解析度分析：適用於i/eCLIP資料的精確交聯位點圖譜。 多組學整合：聯合RNA-seq等資料或公共資料庫進行調控網路建構。
常見問題
RNA完整性貫穿實驗始終，RNase微量汙染或抑制劑失效會系統性降解目標RNA，特別影響長轉錄本或弱結合位點的偵測，引入長度偏好並嚴重耗損珍貴樣品。這要求從細胞裂解到純化的全流程於嚴格控溫下使用經認證的無RNase試劑與耗材，並透過電泳或生物分析儀同步監控Input與IP產物的RNA完整性。
經典RIP-seq捕捉處於天然狀態、物理穩定性各異的RBP–RNA複合體，使其能反映更廣泛的生理性互作網路，但也必然包含大量經由其他蛋白或RNA分子媒介的間接結合。因此，鑑定出的結合峰本身不等同於直接結合位點，必須依賴後續序列基序分析、交聯實驗驗證或定點突變等功能實驗，來區分直接作用與間接關聯。
