表觀遺傳學
解析非序列層面的遺傳修飾規律，探索環境如何透過修飾影響基因表現。
DAP-Seq
DAP-seq（DNA Affinity Purification Sequencing，DNA親和純化測序）為一種高通量測序技術，用於在全基因體尺度鑑定DNA結合蛋白（DBP），特別是轉錄因子（TF）於基因體上的精確結合位點。傳統染色質免疫沉澱測序ChIP-seq是研究轉錄因子結合位點的金標準，但需高品質且具專一性的抗體。對許多新穎或低豐度的轉錄因子，合適抗體往往難以取得，嚴重限制了ChIP-seq的應用。DAP-seq透過體外表達與純化融合標籤蛋白（如GST、His或FLAG標籤），直接利用其DNA結合活性捕捉基因體DNA片段，完全避開對專一性抗體的需求。
原理介紹
表達DNA結合蛋白：將目標DNA結合蛋白（通常為轉錄因子）的cDNA選殖至帶有親和標籤（如GST、FLAG）的表達載體，並於體外（如大腸桿菌或酵母）大量表達與純化。建構基因體DNA文庫：自樣品萃取高品質基因體DNA，隨機打斷成適當大小的片段（通常150–300鹼基），連接測序接頭，建構全基因體DNA文庫。體外結合與純化：將純化後的標籤蛋白與基因體DNA文庫體外孵育，使蛋白結合至其專一性DNA標的。接著利用針對標籤（而非DNA結合蛋白本身）的抗體或親和基團（如GST標籤使用穀胱甘肽珠），將結合蛋白的DNA片段專一性下拉（pull-down）。高通量測序：富集後的DNA片段與輸入DNA文庫（對照）分別進行NGS測序。
文獻案例
《Cell》期刊發表之「O’Malley RC, et al. Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape.」研究論文利用DAP-seq繪製阿拉伯芥ARF家族（如ARF2、ARF5）全基因體結合圖譜；系統分析AuxRE（TGTC）motif的重複類型（DR/IR/ER）、間距與相位；結合跨物種DAP-seq（玉米ARF + 阿拉伯芥/玉米gDNA）驗證結合專一性來源。ARF偏好結合成對排列的AuxRE，ARF5富集於間距約10 bp的直接重複（DR），ARF2傾向反向重複（IR）；IAA5啟動子含13個相位一致的TGTC位點，形成超強DAP-seq峰；標的基因啟動子區DAP-seq訊號呈週期性富集，暗示與染色質結構協同；ARF的結合偏好由蛋白本體決定，而非基因體背景。
交付內容
進階分析
差異結合位點分析（多條件比較）、Motif富集分析（MEME/HOMER格式）、標的基因功能富集分析（GO/KEGG）、多組學資料整合分析（如與RNA-seq聯合）、調控網路建構、進階視覺化（熱圖、訊號趨勢圖等）。
交付文件
專案總結報告（含實驗流程、QC、核心結果與解讀）
常見問題
可能原因與對策：1）蛋白問題：TF表達量低、失活或標籤影響折疊。需最佳化表達條件、驗證蛋白活性。2）DNA問題：gDNA片段大小不適或受污染。確保片段化至200–300 bp，並使用高純度、無降解的gDNA。3）結合條件：洗滌不充分或緩衝液條件不佳。提高洗滌嚴謹度，最佳化鹽離子濃度與去污劑。4）對照設置：必須包含空載體或標籤蛋白的陰性對照，以區分非專一性結合。
可以，但需策略性設計。標準DAP-seq適用於單一TF。若要研究複合物，可採：1）共表達：於體外表達系統同時表達多個次單元。2）預組裝：將純化的不同蛋白於體外混合後與DNA孵育。3）補充因子：於反應體系加入已知共因子（如荷爾蒙、小分子）。有助於揭示需伴護蛋白或修飾才能發揮DNA結合活性的TF功能。
