非靶向代謝組

非靶向代謝組學(Untargeted Metabolomics)亦稱非目標代謝組學或發現代謝組學,為無偏倚地同時檢測分析所有小分子代謝物的代謝組學。用於檢測生物樣品總體代謝物資訊並定量,對不同處理或生理狀態樣品分組,經非靶向方法檢測找出組別差異代謝產物,供後續生理機制研究。透過高通量檢測技術全面研究樣本中所有內源性代謝物,系統反映機體於生理或病理狀態下的代謝變化,為解析疾病機制、發現生物標誌物提供重要線索。

原理介紹

LC-MS 非靶代謝組學實驗流程含實驗檢測與資料分析兩大部分,實驗部分主要包括實驗設計、樣本準備、代謝物萃取、代謝物檢測;資料分析主要包括差異代謝物篩選及代謝路徑分析。每一步驟嚴格把關、標準化操作,從根本確保高品質資料產出。資料分析內容主要包括多變量統計分析、單變量統計分析、差異代謝物篩選與差異代謝物之路徑分析。

文獻案例

《Nature Communications》所刊 “Knowledge and data-driven two-layer networking for accurate metabolite annotation in untargeted metabolomics” 針對非靶向代謝組學中代謝物註釋效率低、覆蓋有限的瓶頸,開發新一代代謝組規模化註釋技術 MetDNA3,經知識與資料雙層代謝網絡相互驅動,實現代謝物化學結構高覆蓋率與高準確度註釋。MetDNA3 整合圖神經網絡預測的代謝反應網絡(知識網絡)與質譜實驗資料(資料網絡),經預映射與遞迴傳播式迭代註釋,避免傳統方法中冗餘的母離子匹配與碎裂質譜計算。相較 MetDNA2,MetDNA3 運算效率提升約 14 倍(每資料集平均運算時間從 1082 分鐘縮短至 77 分鐘);於多種生物樣本測試中,註釋覆蓋率提升至 68.1%,正確率提升至 84.4%,成功註釋 1,652 個種子代謝物及超過 12,500 個潛在代謝物(含 9,410 個已知代謝物與 3,098 個未知代謝物)。MetDNA3 為代謝組學研究提供高效、準確的註釋工具,顯著拓展非靶向代謝組學的代謝物覆蓋範圍,為疾病機制研究、生物標誌物發現等領域提供關鍵技術支撐。

送樣標準

動物組織

≥200mg

血(血清、血漿)

≥200μL

尿液

≥200μL

糞便

≥200mg

腸道內容物

≥200mg

其他液體樣本(淋巴液、腦脊髓液、羊水、乳汁、膽汁、唾液等)

≥200μL

細菌或真菌

菌體沉澱濕重≥200mg

交付內容

原始資料

質譜原始檔、代謝物一級/二級質譜圖、萃取與分離實驗參數記錄;樣本處理全程記錄,附 MD5 校驗碼確保完整性。

資料品質控制報告

樣本品質:代謝物萃取量、回收率、純度; 質譜檢測品質:代謝物特徵峰數量、Q30 比例、質量精度; 前處理品質:峰對齊率、生物學重複相關性、QC 樣本聚類效果。

代謝物鑑定與註釋結果

鑑定清單:高信賴度代謝物之名稱、分子量、化學式、保留時間、二級碎片匹配得分; 定量矩陣:代謝物峰面積/峰高定量值、正規化後表達量、組間 FC 值、P 值、VIP 值; 資料庫註釋:關聯 HMDB、METLIN、KEGG、NIST 等資料庫,提供代謝物結構資訊、亞細胞定位、生物功能描述; 差異代謝物篩選:顯著差異代謝物清單、火山圖、熱圖、PCA/OPLS-DA 得分圖。

功能分析結果

代謝路徑富集:KEGG 富集散點圖(Top20 路徑)、代謝路徑圖; 代謝網絡分析:差異代謝物關聯網絡示意圖; 標誌物篩選:ROC 曲線分析、標誌物組合最佳化結果。

分析與解讀報告

核心結論:樣本代謝組整體差異特徵、關鍵差異代謝物集合、核心代謝路徑變化、潛在標誌物候選; 結果解讀:差異代謝物與研究表型關聯、代謝重編程機制假說; 建議方案:後續驗證方向、多組學聯合分析建議。

常見問題

依代謝物特性與研究目的。LC-MS:無需衍生化,適配多數代謝物,覆蓋廣,為常規研究首選;GC-MS:需衍生化,適配揮發性、熱穩定性代謝物,定性準確性高但覆蓋有限;③選擇建議:複雜生物樣本優先 LC-MS;揮發性代謝物選 GC-MS;需全面覆蓋時可採「LC-MS+GC-MS」聯合方案。

有顯著影響,須提前規避與處理:①溶血影響:紅血球破裂釋出血紅蛋白、腺苷、乳酸等內源性代謝物,掩蓋血清中低豐度代謝物,且血紅蛋白抑制質譜離子化;②脂血影響:血清中甘油三酯、膽固醇過多,干擾代謝物分離與檢測;③處理方案:採樣時避免劇烈震盪,及時離心分離,嚴格排除溶血、脂血樣本;若無法重新採樣,溶血樣本可經血紅蛋白去除試劑盒處理,脂血樣本可經超速離心去除脂質層。

多重驗證確保定性可靠性:①一級驗證:精確分子量匹配;②二級驗證:二級碎片離子與資料庫比對得分≥80 分;③保留時間驗證:與標準品保留時間偏差≤0.2 分鐘;④交叉驗證:不同分離技術或不同質譜平台交叉鑑定;⑤信賴度分級:依匹配證據將代謝物分為確認鑑定、高信賴度鑑定、推測鑑定。

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